Sekolah Menengah Sains Batu Pahat diserahkan oleh pihak kontraktor kepada kerajaan Malaysia pada 21 Mac 2012.  Serentak dengan itu, pihak Bahagian Pengurusan Sekolah Berasrama Penuh dan Sekolah Kecemerlangan (BPSBPSK) telah melantik Cikgu Mohamad Azman bin Abdul Hamid sebagai Penyelaras Sekolah.  Dengan keluasan 50 ekar, sekolah yang berlokasi di KM8, Jalan Tanjung Laboh, 83000 Batu Pahat, Johor merupakan Sekolah Berasrama Penuh yang ke-65 di negara ketika itu. Sesuai dengan matlamat penubuhannya, sekolah ini telah dilengkapi dengan prasarana pendidikan terkini bagi melahirkan modal insan yang berdaya saing dalam pentas dunia. Keadaan ini bersesuaian dengan Falsafah Pendidikan Kebangsaan selaras dengan aspirasi pendidikan Sekolah Berasrama Penuh.

 

Lokasi sekolah yang dikelilingi pergunungan dan kehadiran pelangi yang sering kelihatan di sebalik Gunung Banang menenangkan suasana. Kedudukannya berjajaran dalam hub pendidikan Parlimen Batu Pahat seperti Sekolah-sekolah, Institut Pengajian Pendidikan Tinggi dan juga Kem Tentera Darat. Pada 2 Mei 2012 sekolah mula beroperasi dengan seramai 90 orang pelajar Tingkatan 1 telah mendaftar di sekolah ini selain 16 orang tenaga pengajar. Pelajar-pelajar  dan tenaga pengajar ini merupakan kumpulan pertama yang akan menjadi perintis kepada kecemerlangan SM Sains Batu Pahat pada masa akan datang.

 

Sekolah ini dikenali sebagai SEHEBAT yang merupakan gabungan huruf-huruf daripada perkataan SEkolaH mEnengah sains Batu pAhaT. Sehebat membawa maksud sangat hebat, paling hebat, hanya satu yang hebat atau sama hebat. Dalam bahasa Inggeris Sehebat membawa maksud as great as atau bolehlah dikenali sebagai SCHOOL of ENDURANCE,HONOUR, EXCELLENCE, BRILLIANCE, AMBITION and TACT.